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KOD FX Neo
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KOD FX Neo

KODFX升级版

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商品描述

KODFX升级版


延伸性及粗样品的扩增效率有了显著提高。

高效率・高成功率PCR酶
KOD FX Neo

Code No.包装价格保存温度说明书
KFX-201200U×1支RMB 2,400-20℃产品说明书
KFX-201S20U×1支RMB 200-20℃产品说明书

【产品用途】

难扩增序列PCR
高GC/AT序列PCR
粗样品直接PCR


【产品说明】

KOD FX Neo是在高成功率PCR酶KOD FX的基础上添加了「延伸增强剂」而开发的PCR酶。在保持高扩增效率的同时,进一步提高了对难扩增序列、微量模板DNA、长目的片段及粗样品的扩增效率。


【产品特征】

 特征1.延伸性UP

・以基因组DNA为模板最大可扩增40kb的片段
・实现了30 sec/kb的高速循环(粗样品推荐1min/kb)
・最适用于高GC含量目的片段的扩增
此外,还适用于使用抗体的
热启动法,可进行特异性良好的扩增。


特征2.对粗样品的扩增性能UP
・提高了对植物裂解液、小鼠尾巴的扩增效率
・降低了土壤成分、食品成分等的PCR抑制效果
・与KOD FX一样,可对革兰氏阳性菌、酵母、霉菌等直接进行PCR


【产品原理】

KOD DNA Polymerase具有卓越的延伸性,同时对粗样品成分中的抑制物质有很强的抵抗力。KOD FX就是利用这种特性而开发出来的高成功率PCR酶,该酶在难扩增序列及粗样品的扩增
方面受到了广泛的好评。然而,以KOD FX为代表的以往的PCR酶在20~30个循环以后,很容易出现扩增无法持续的<停滞现象>,PCR的功能无法完全发挥出来。
【KOD FX Neo】是在KOD FX的基础上,应用了新开发的【延伸增强剂】技术,从而成功地抑制了<停滞现象>,进一步提高了对长目的片段、难扩增序列及粗样品等的扩增效率。

【产品实验例】

1.扩增长度的比较

使用KOD FX Neo及以往的产品,以人基因组DNA为模板进行长链目的片段的扩增。结果显示,只有使用KOD FX Neo的情况下,才可以确认扩增40kb长的目的片段。另外,与以往产品相比,KOD FX Neo只需一半的延伸时间(30sec/kb) *。因此,可以极大地缩短反应时间。

*粗样品扩增时建议按1min/kb进行。

2.检测灵敏度的比较

以人基因组DNA为模板进行检测灵敏度的比较。结果可见,与原产品相比,KOD FX Neo的灵敏度提高了约10倍。

3.扩增的比较

以碱裂解法制备鼠尾裂解液为样品,扩增3种小鼠基因。结果可见,只有用KOD FX Neo才能得到良好的扩增。像这样,KOD FX Neo能够对样品进行直接PCR,可以省略掉繁杂的纯化过程。

使用96孔PCR板的鼠尾处理方法(碱裂解法)

将鼠尾(约3 mm)放入离心管中。
↓←添加50 mM NaOH 180μl,盖上盖子,用Vortex充分振荡
↓spin down(轻轻地振荡使液体落到管下部)
↓95℃, 10 min.孵育(使用Thermo cycler)
↓←添加1 M Tris-HCl (pH 8.0) 20μl,盖上盖子,用Vortex充分振荡
↓spin down(轻轻地振荡使液体落到管下部)
取0.5〜2μl上清(模板)添加到50μl反应体系中进行PCR反应

※鼠尾切片,请切得小一些,使之能够浸没在裂解液中。
※请注意热碱。
※处理后,鼠尾不会完全溶解。大约只能溶解鼠尾的表面。
※本方法,可使用1.5m的离心管。


4.腐殖酸添加实验

腐殖酸(humic acid)是存在于腐殖土及土壤中的红褐色或黑褐色有机物质,对PCR有抑制作用。通常进行的DNA纯化过程中不能去除这种腐殖酸,因此,以环境、生态体系中的样品作为模板进行PCR非常困难。这里,以人基因组DNA中混入腐殖酸为例,探讨了其对PCR的抑制作用。结果显示,KOD FX Neo对抗腐殖酸的能力最强。
因此,使用KOD FX Neo可以对环境、生态体系中的样品进行PCR。


【用户实验例】

实验例1: 植物裂解液的扩增

实验例2: 果酱(食品)添加实验

实验例3: 用混合肥料(堆肥)进行宏基因组分析

实验例4: 小鼠指甲直接PCR

实验例5:判定 ES细胞的基因重组


【产品内容】

KOD FX Neo (1U/μl)  200μl×1支

2×Buffer for KOD FX Neo*[KFX-2B] 1.7ml×3支

2mM dNTP**[NTP-201] 1ml×2支


*含有终浓度2.0mM的Mg2+

** 使用本酶进行PCR时,请使用dNTPs[NTP-201]。如果使用其他的dNTPs,有时可能得不到良好的扩增性能。

※50μl反应体系的情况下可使用200次。


活性的定义:

在75℃活性测定条件下,在30分钟内摄入10nmoles的全核苷酸使成为酸不溶物时所需酶的活性定义为1U。


来源:

E.coli 重组体


【基本反应条件】

灭菌蒸馏水   X μl

2×PCR buffer for KOD FX Neo  25μl

2mM dNTPs  10μl

10pmol /μl Primer F  1.5μl

10pmol/μl Primer R  1.5μl

KOD FX Neo(1.0U/μl)  1μl

Genomic DNA  10~200ng

Plasmid DNA  1~50ng

cDNA  ~200ng(RNA相当)

粗样品  ~2μl

〈一步法植物裂解液1μl〉

Total 50μl


〈2步法循环〉*

94℃, 2min.

98℃, 10sec.

68℃, 30sec./kb 25~45 cycles


〈3步法循环〉*

94℃, 2min.

98℃, 10sec.

Tm℃, 30sec.

68℃, 30sec./kb 25~45 cycles


〈Step down循环〉*

94℃,2min.

98℃,10sec.

74℃,30sec./kb 5 cycles

98℃,10sec.

72℃,30sec./kb 5 cycles

98℃,10sec.

70℃,30sec./kb 5 cycles

98℃,10sec.

68℃,30sec./kb 15~30 cycles

68℃,7min.


*基本上以2步法循环进行。引物的Tm值低于68℃或用2步法循环未见扩增时,请试一下3步法循环。另外,扩增10kb以上的目的片段时,如果出现Long PCR片段或非特异条带及弥散,请试一下Step down循环。



Tm值采用最邻近法(Nearest Neighbor method)计算得到的值。引物的Tm值计算表(EXCEL)请点击这里下载


<碱裂解法>

1) 将鼠尾(约3mm)放入离心管中。

2) 添加50mM NaOH 180μl。

3) Vortex充分振荡。

4) 95℃・10min.

5) 添加Tris-HC(l pH8.0) 20μl。

6) Vortex充分振荡。

7) 离心(12,000rpm, 10min.)

8) 取0.5~2μl上清进行PCR反应。

(鼠尾不会也无需完全溶解)


<一步法>

1) 将叶片(3mm)或精米(1粒) 放入离心管中。

2) 添加Buffer A* 100μl。

3) Vortex充分振荡。

4) 95℃・10min.

5) Vortex充分振荡。

6) 离心(12,000rpm, 10min.)

7) 取1μl上清进行PCR反应。

(植物组织不会也无需完全溶解)


*Buffer A:

 100mM Tris-HC(l pH9.5)

 1M KCl

 10mM EDTA


【几点建议】

PCR产物的克隆

由于本酶的PCR产物已被平滑化,可用平滑末端克隆法进行克隆。此时,如已对载体进行了脱磷酸化处理,就需要对PCR产物进行磷酸化,或使用带5'磷酸基的引物。 

另外,由于本酶的PCR产物已被平滑化,不能直接进行TA克隆。可使用按以下方法开发的TA克隆专用试剂盒TArget Clone -Plus-」。

关于引物

扩增超过10kb的目的片段时,推荐使用OPC以上纯化级度,27mer以上的引物。另外,3'端有错配的引物,可能会受到本酶校正。

※Tm值采用最邻近法(Nearest Neighbor method)计算得到的值。引物的Tm值计算表(EXCEL)请点击这里下载


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